混沌之神卡俄斯诞生了大地之神盖亚、深渊之神塔尔塔洛斯、黑夜女神尼克斯、幽冥之神厄瑞波斯，爱神厄洛斯。
万年来五神各司其职，盖亚创造了十二泰坦，泰坦的后代宙斯推翻其父成为了新一代的奥林匹斯众神之王，之后不久，普罗米修斯创造了人类，宙斯对于人类敬爱普罗米修斯心生嫉妒，又因人类试图抵抗诸神安排的命运，决心惩罚人类。
他与诸神制作名为潘多拉的女子降临人间，女子带来的魔盒中不仅藏着灾难，还会使人类产生贪婪、色欲、暴怒、自负等原始罪行，七原罪在人间循环着，让大地陷入了黑暗，因人类互相争斗导致每处尸积如山，如同末世降临。
这些罪行最终彻底侵蚀进每一个人类的心中，连大地之神盖亚也无法拯救他们，邪恶还能带给人类力量，让失去控制的人类有了对抗诸神的力量，不久后，诸神与人类长期的纷争中，部分神祗也沾染到七原罪的邪恶思想，整个奥林匹斯山终日被黑雾所覆盖，诸神互相残杀，看不到黎明的曙光，天宫破败，这一场祸及了人神的劫难称为第一次原罪劫。
对灾难超出了预计的宙斯，开始为自己的行为感到后悔，知道当初不应该如此对待人类，可惜一切他也无法挽救，普罗米修斯因宙斯的忏悔原谅了他，两人一起求助于盖亚，然而众神之祖盖亚也无能为力，劫难中幸存的奥林匹斯神祗最后求助于凌驾众神之上的混沌之神卡俄斯。
卡俄斯答应了盖亚的请求，但要求宙斯必须答应一个承诺：人类今后应当由自己决定自己的命运，并且诸神不可再高高地居住在奥林匹斯上俯瞰众生，而是守护在大陆各地，保证人类生活幸福。
大地之母盖亚强迫宙斯答应下来以后，卡俄斯以混沌之神的最高力量，将所有人类的罪行与恶念制作成了黑暗圣杯，黑暗圣杯的持有者必须承担世间的一切邪恶与罪行，卡俄斯是第一任圣杯的持有者，他为了遏制自己，将黑暗圣杯与自己封印在混沌王座中，永远沉睡，从此之后，人间恢复了光明与和平。
诸神降临在各地守护人类后，宙斯却开始食言，他与法律女神忒弥斯的女儿命运三女神不仅操控人类的命运，还决定着守护人类的神祗的命运。
对于违背诺言的宙斯，除了爱神厄洛斯外，其余四大创始神都感到愤怒，黑夜女神尼克斯与幽冥之神厄瑞波斯早就对父亲卡俄斯的牺牲不满，它们擅自开启了混沌王座的封印，将埋藏了一切罪恶与力量的黑暗圣杯解封了出来，并且以奥林匹斯山的诸神作为敌人。
羞愧懊悔的宙斯为了制止黑暗圣杯而重伤，圣杯也在与宙斯的战斗中化为碎片，散落人间，邪恶的力量与原罪劫难，开始席卷大地各处，第二次黑暗末世重新降临人界，圣杯碎片由于自身具有意识，可以随意变换形态，可以是武器或者人，例如化身为挑起特洛伊战争的海伦，企图将亚特兰蒂斯沉入海底的死神，斯芬克斯，美杜莎的故事等，本次故事流程大部分采用希腊比较著名的故事进行改写，由圣杯的邪恶力量影响或变化这些事件的进程。
由于混沌之神预料到会有第二次黑暗末世的到来，将自己的记忆与力量也一起封印在圣杯，压制着圣杯，封印解开后，他与圣杯一起落入人间———本游戏故事流程从一个小小的阿里德尔镇开始。
主角是小镇内忘记了过去一切的年轻人，与年幼的妹妹相依为命，某日小镇外的野兽突然变得凶残暴戾，经过配合老巫师的调查后知道，一切起因是镇外弥漫着黑暗力量，希望通过召唤神祗雅典娜帮忙。
可惜老巫师尚未完成召唤仪式时，黑暗圣杯的力量已经蔓延到来，化为了芬里斯狼将老巫师杀死，将芬里斯狼打至狂暴后，黑暗的力量让它进化，吞噬村里的人包括主角妹妹的灵魂，悲痛之下主角用自己的鲜血将老巫师残缺的法阵补完，召唤出女神雅典娜，雅典娜与主角合力将芬里斯狼击败，此时黑夜女神尼克斯出现，告诉主角她会毁灭这个神话大陆不再让主角受苦，主角不明意思。
雅典娜告诉主角他的真正身份是创造世界的混沌神，提及了黑暗圣杯的事，现在第二次原罪劫已经降临，各地产生了不同的黑化与扭曲，唯一可以挽救人类与诸神的只有主角了，她愿意弥补诸神以前犯下的过错，在主角恢复记忆和力量之前，一直守护主角。
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